为加强卫生健康系统中央财政直达资金使用监管，促进中央财政直达资金规范管理，进一步提高卫生健康系统直达资金使用效益，严格按照按照相关规定，加强卫生健康直达资金的分配、拨付、使用等环节管理，确保资金安全有效。
一是加强资金分配拨付环节管理。成立卫生健康局内部控制和内部审计工作领导小组，认真落实重大事项集体决策、财经管理等制度。项目资金下达后，立即由相关业务股室按照项目实施方案等要求，积极与省、市相关部门对接，提出资金分配计划，经党组会议进行研究，提交财政审核后将资金直接拨付各项目实施单位，实现了资金及时、规范拨付。
二是加强资金使用环节管理。资金拨付后，要求各项目实施单位在资金使用管理过程中严格按照项目实施方案和省财政厅、省卫生健康委、省医疗保障局印发《甘肃省基本公共卫生服务补助资金管理等5项补助资金管理办法的通知》和各项目实施方案要求执行。支出过程中，严格按照项目规定用途使用资金，做到专项管理、专款专用。项目资金支出事项中需要办理政府采购手续的，严格按照政府采购规定执行，同时制订了物资采购制度及流程，凡采购事项严格按照年度及季度采购预算执行，严禁无预算采购，有效保障了各单位资金使用效益与安全。惠农资金的发放严格按照财政要求，年初纳入预算管理，将指标细化到款、到项，同时全部通过惠农系统进行发放，实现资金由乡镇、主管部门、银行、财政多部门审核监管的全封闭、全流程监管模式，将资金直接发放到户到人，确保了资金安全。
三是加强绩效评价结果应用。对全系统所涉及的基本公共卫生服务、基本药物制度、计划生育转移支付、医疗服务与保障能力提升4项直达资金适时开展绩效评价，认真分析项目各项指标完成情况，适时调整工作计划，不断提高资金使用效益，同时将绩效评价结果作为年终考核评优和下年度资金分配的依据，“三个加强”使项目资金社会效益显著提升。
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